«Северная верфь» планирует пересмотреть свое корпоративное управление после передачи «ВТБ» дочерней структуре «ОСК». На ближайшем совете директоров будет обсуждаться вопрос образования комитета директоров общества. Это происходит в контексте судебных претензий генпрокуратуры к компаниям, связанным с «Северной верфью», таким как «Инструмент-СВ», «Норд-вест СВ», «Машиностроение Северной верфи», «ЭФеС Северной верфи» и «Нива-СВ».
Генпрокуратура требует признать недействительными договоры о создании холдинговой компании и вернуть акции спорных активов в доход государства. Ранее совет директоров «Северной верфи» рассматривал вопрос об отчуждении акций, включая «ЭФеС Северной верфи», но пресс-служба завода заявила, что не все компании являются дочерними структурами.
В июне 2023 года совет директоров головной структуры ПАО рассматривал вопросы об определении позиции и формировании указаний представителям общества на годовых собраниях акционеров АО «Норд-вест СВ», АО «ЭФеС Северной верфи» и АО «Машиностроение Северной верфи». Это может свидетельствовать о том, что «Северная верфь» имеет доступ на собрание акционеров и выступает держателем акций. Некоторые компании, связанные с «Северной верфью», находятся в процессе ликвидации, включая «Инструменты-СВ».
«Машиностроение СВ» также столкнулось с проблемами, так как операции по счетам компании приостановлены по причине исполнения решения взысканий налога и пени. Генеральная прокуратура требует ареста акций пяти дочерних компаний «Северной верфи». Эти компании были созданы в результате приватизации ленинградского Судостроительного завода имени А.А. Жданова в 1990-х годах.